前列腺增生手術術後的後遺症，可能存在出血、感染。出血可以表現為術中的出血，以及術後1-4周內繼發性的出血。感染包括尿道炎，甚至引起附睪睪丸炎等。術中也可以出現經尿道電切綜合徵，或者膀胱穿孔、尿液外滲等。短期之內患者拔除尿管可能會導致暫時性的尿失禁，相對來說永久性的尿失禁比較少見。
老年患者有形成深靜脈血栓，導致肺栓塞的風險，遠期可能會出現尿道的狹窄，包括尿道外口的狹窄、尿道膀胱頸攣縮或者其他部位的狹窄。還會出現性功能的改變，包括逆向射精、不射精或者性功能減退。