完全性大動脈轉位的唯一有效的治療手段為手術治療，藥物治療主要應用於配合手術。通常經過短期的手術治療，即可改善患者的病情。
一、藥物治療
1、鎮痛藥物：術後泵入嗎啡、芬太尼等鎮靜肌松藥，拔管後可給予地西泮、水合氯醛。目的是為了保持患兒安靜狀態，減輕疼痛刺激，防止肺高壓危象。
2、前列腺素：術前可應用前列地爾來降低肺動脈壓，並可緩解患兒的缺氧狀態，延長患兒的生存時間。
二、手術治療
1、球囊房隔成形術：缺氧嚴重而又不能進行根植手術時可行球囊房隔造漏或房缺擴大術，使血液在心房水平大量混合，提高動脈血氧飽和度，使患兒存活至適合根治手術。
2、肺動環縮術：完全性大動脈轉位伴大型室間隔缺損者，可在6個月內作肺動脈環縮術，預防充血性心力衰竭及肺動脈高壓引起的肺血管病變。
3、大動脈調轉術：手術治療是根本方法，目前多主張儘可能實施大動脈調轉術，如果室間隔完整，最好在出生後2周內行手術。如果伴有室間隔缺損，可在出生後6周內手術。
4、生理糾治術：可在生後1~12個月內進行，即用心包膜及心房壁在心房內建成板障，將體循環的靜脈血導向二尖瓣口而入左心室。並將肺經的迴流血導向三尖瓣口而入右心室，形成房室連接不一致及心室大血管連接不一致，以達到生理上的糾治。