子宮內膜異位症常見的症狀有疼痛、月經異常和不孕，約25%的患者沒有任何症狀，疼痛可以表現為痛經、慢性盆腔痛、性交痛或者急腹痛。痛經常表現為繼發性痛經，並且隨著病變的進展而進行性加重，典型的痛經多於月經開始前1-2天開始，月經第一天最劇烈，以後逐漸減輕。少數病人可能會表現為慢性盆腔痛及加重，約30%的患者可能會出現性交痛，當囊腫破裂的時候也有可能會出現急腹痛。約15%-30的病人可能會有月經量的增多、經期延長或者月經淋漓不盡等，不孕症患者當中約20%-30%可能會合併有子宮內膜異位症。