子宮內膜異位症部分患者沒有臨床症狀，有臨床症狀會表現為疼痛、月經異常和不孕症。疼痛是內異症最主要的症狀，可能會表現為痛經、慢性盆腔痛、性交痛，嚴重的會影響生活質量。對於卵巢巧克力囊腫破裂的患者可能會出現急腹痛，約有15%-30%的患者可能會有月經量增多、經期延長以及月經淋漓不盡。子宮內膜異位症患者當中不孕症的比例高達50%以上，是女性不孕的常見原因之一。
還有些特殊部位內異症可能會有其它後果，比如說腸道內異症可能會出現腹痛、腹瀉或者便秘，甚至是週期性血便。膀胱內異症可能會出現尿頻、尿痛和血尿，內異症侵犯和壓迫輸尿管時可以出現一側的腰痛或者血尿。對於巧克力囊腫的患者，有可能會有囊腫惡變的可能，最常見的有卵巢子宮內膜樣癌和卵巢透明細胞癌。