在治療子宮內膜異位症的時候，主要的治療方針是減滅和去除病灶、緩解和消除疼痛、改善和促進生育、減少和避免復發。應用性激素治療主要的目的是假孕療法和假絕經期療法，使沒有週期性的內膜增生分泌和脫落的改變，使異位的病灶發生萎縮，同時緩解和消除疼痛，達到減滅和緩解疼痛臨床治療的效果。
常用的激素治療的方法有兩種，第一個是假孕療法，第二個是假絕經療法。假孕療法就是應用孕激素類的藥物，使異位的內膜停止活動，最後發生萎縮，主要包括口服安宮黃體酮、普維拉、內美通等。肌注乙酸、孕酮等治療的週期至少為6個月，使內膜異位停止活動，最後發生萎縮，達到治療的目的。假絕經療法常用促性腺激素釋放激素激動劑，比如戈舍瑞林，強烈的抑制卵巢功能，達到停止月經週期、抑制異位的子宮內膜活動，最終發生病灶萎縮的目的，達到治療的效果，它的治療最少應該是3-6個月，然後評價治療結果。應用雌激素治療子宮內膜異位症的主要原因就是為了使異位的內膜病灶停止活動，發生萎縮，達到臨床治療目的。