目前國內外公認的診斷子宮內膜異位症的最準確的方法就是腹腔鏡檢查。在鏡下看到典型子宮內膜異位症的病灶，就可以確診。另外還有抗子宮內膜抗體的測定，抗子宮內膜抗體是以子宮內膜為靶抗原並引起一系列免疫反應的自身抗體，此測定對於子宮內膜異位症的檢出率可以達到70%到80%。其他的輔助診斷方法還有血清CA125測定，和影像學檢查。