子宮內膜異位症的治療主要根據患者的年齡症狀，病變的部位，範圍，以及有無生育要求等，選擇個體化的治療方案。臨床中常用的治療辦法有主要有三種。第一期待治療，這種情況適用於，輕度的子宮內膜移位症，沒有任何的臨床症狀，而且有生育要求，可以讓患者儘早懷孕，定期觀察，不需要用藥。第二藥物治療，一般選擇口服避孕藥，孕激素，以及孕激素受體拮抗劑，米非司酮，達那唑等藥物治療。第三手術治療，手術治療，根據患者有無生育要求，又分為保留生育功能的手術治療和根治性的手術。保留生育功能的手術治療，主要是切除病灶，術後需要配合藥物治療，預防復發，根治性手術主要是指將子宮雙側附件，以及盆腔裡所有的子宮內膜異位症病灶切除，主要適用於年齡在45歲以上，症狀比較嚴重的患者。