子宮內膜異位症患者的主要表現包括痛經、不孕，性生活的時候會出現性交的不適。還有一些患者會出現月經的異常，比如月經量增多、經期延長、月經淋漓不盡。痛經比較常見，一般是繼發性的痛經，而且痛經會進行性加重。另外，大概有40%-50%的患者會合併有不孕。還有其它部位出現的內膜異位症也相應的會出現症狀，但是大概有25%左右的患者沒有臨床表現。
子宮內膜異位症是生育年齡女性比較常見的婦科疾病，根據異位內膜出現的部位，包括卵巢型的內膜異位症、腹膜型的內膜異位症、深部浸潤性的內膜異位症，還有一些病人剖宮產的切口瘢痕也會形成瘢痕部位的內膜異位症。