肛門閉鎖的臨床表現跟肛門閉鎖的類型有明確的關係，如果出現肛門閉鎖時伴有瘻口，比如會陰瘻，舟狀窩瘻，就可能在正常的肛門開口的地方沒有肛門開口，大便會從這些瘻口流出來。如果瘻口比較小，大便稍乾燥，就會出現排便費力，腹脹，甚至嘔吐的表現。還有一些肛門閉鎖患兒不伴有瘻口，在肛隱窩沒有正常的肛門開口，這類患兒便會較早出現腹脹和嘔吐的表現。