先天性肛門閉鎖是小兒常見的先天性畸形，佔消化道畸形的第1位。常見的後遺症包括2點：第1點，腸管梗阻，多為低位腸梗阻，結腸直腸梗阻。患者出現明顯的哭鬧，腹痛，腹脹的情況，嚴重者可以出現腸管穿孔，導致患者死亡。第2點，消化道瘻，常見的是直腸會陰瘻，直腸舟狀窩瘻，直腸膀胱瘻，直腸陰道瘻，直腸尿道瘻。以上都需要進行手術治療。