亞急性感染性心內膜炎病因最常見為草綠色鏈球菌(80%)，系正常咽腔菌叢，僅在用力刷牙、鑲牙、特別是在拔牙後引起菌血症而發病。其他如糞鏈球菌也可引起嚴重心內膜炎，見於胃腸道或泌尿生殖道感染，常在泌尿生殖道器械檢查或分娩之後細菌進入血流而致病，引起心內膜炎的黴菌有組織胞漿菌屬和各種念珠菌屬，後者常見於糖尿病病人、心臟瓣膜置換病人及皮下或靜脈注射毒品成癮的病人。厭氧菌感染並非常見，但若有贅生物形成，則可為厭氧菌滯留在灌注不良的贅疣內提供機會。由金黃色葡萄球菌、白色葡萄球菌、立克次體、產氣桿菌引起者均有報道。