男性不育症的主要治療方法為藥物治療和手術治療，常見的藥物有頭孢、阿莫西林及糖皮質激素等，手術方式有精囊鏡、精索靜脈高位結紮術及人工受精等。該病需要長期持續性治療。
一、藥物治療
1、頭孢類抗生素：主要使用抗生素抗感染治療，由細菌感染引起的睪丸炎應主要使用抗生素治療，在臨床上，主要是可以口服頭孢類的抗生素，如頭孢唑林鈉等來進行抗感染治療，效果比較好。但抗生素必須要在明確有病菌感染的前提下才可以使用，不能盲目濫用。
2、阿莫西林：阿莫西林殺菌作用強，穿透細胞膜的能力也強。多用於治療生殖系統炎症，是目前應用較為廣泛的口服半合成青黴素之一，其製劑有膠囊、片劑、顆粒劑、分散片等等。偶可見噁心、嘔吐等不良反應，孕婦慎用。
3、糖皮質激素：糖皮質激素用於治療輸精管道炎症，也可用於激素替代療法，補充患者體內的激素水，提高生育能力。具有調節糖、脂肪、和蛋白質的生物合成和代謝的作用，還具有抑制免疫應答、抗炎、抗毒、抗休克作用。長期大量使用可引起不良反應，包括骨質疏鬆、肌肉萎縮、皮脂功能亢進綜合徵等。
二、手術治療
1、精囊鏡：對合並血精及懷疑精囊結石或腫瘤的患者，可行精囊鏡檢查，精囊鏡在做檢查時可以沖洗積血和細菌。起到治療的作用，通過精囊鏡檢查，可疏通精道和射精管，促進精液順利排出。精囊鏡檢查需要患者在全麻或半麻的狀態下進行，以減輕患者的疼痛，順利完成檢查過程。此外，患者在精囊鏡檢查的過程中可能需要接受外傷性手術，這會造成嚴重的疼痛。如果出現精囊感染，需要在精囊內注射抗感染藥物，如發生精囊結石，需要使用異物鉗，精囊內如出現點位性病變，則需要進行活檢。
2、精索靜脈高位結紮術：通過手術結紮曲張的靜脈血管，從而阻止損害精子的物質反流，同時降低睪丸溫度和靜脈壓力，改善精液的質量。
3、人工受精：對於先天畸形或發育不良嚴重等梗阻無法解決者，可考慮供精者精液人工受精。採用非性交的方式將精子遞送到女性生殖道中以達到使女子受孕目的的一種輔助生殖技術。此種方法適用於睪丸顯微取精完全無精子、患者伴有明確的遺傳病及因各種原因不願接受治療的患者。