導致男生不能生育的原因主要有性功能障礙和精子的原因。首先是外生殖器發育異常，出現陰莖發育畸形、尿道上裂或者尿道下裂，不能進行性生活或者不能在陰道內射精；其次睪丸發育異常，出現先天性重度隱睪、小睪丸，導致精子產生不了或者出現重度少弱畸形精子，就會不能受孕；患有先天性或者後天性輸精管道不通暢，比如輸精管缺如、輸精管附睪結核等造成的梗阻性無精子症，都會導致男性不育。