扁平疣變成褐色的，主要是由於扁平疣的病變，影響到了局部皮膚黑色素細胞的功能，導致黑色素生成增多而引起。扁平疣是由人乳頭瘤病毒感染所引起的病毒性皮膚病，乳頭瘤病毒主要就是感染皮膚表皮細胞，引起表皮細胞增生，形成疣狀的病變。病毒感染對鄰近皮膚當中黑色素細胞的功能必然會產生影響，同時病變組織、人體的免疫炎症反應，同樣也可以刺激局部黑色素細胞，生成較多的黑色素，這兩者都可引起皮膚黑色素增加，導致扁平疣顏色加深。如果扁平疣中的病毒增生比較活躍，這些黑色素就比較容易向上排出，扁平疣的顏色往往比較淡。如果局部的扁平疣病變，表皮增生的速度減緩，表皮中就可以攜帶更多的黑色素，局部的顏色就會加深。