阿昔洛韋雖然是治療病毒的一種藥物，但是針對的是皰疹病毒，所以阿昔洛韋不能夠用於治療扁平疣，阿昔洛韋治療病毒感染的皮膚病包括水痘-帶狀皰疹和單純皰疹。臨床上如果得了扁平疣，最常用的治療方案是物理治療，主要有冷凍治療和激光治療，也可以選用局部的外用藥，可以用中藥的抗病毒面膜來治療。在西藥的外用藥裡最常用的是干擾素凝膠，用以治療局部的扁平疣。