阿昔洛韋軟膏治療扁平疣是沒有效果的，阿昔洛韋軟膏的主要成分阿昔洛韋，也叫無環鳥苷，屬於一種抗皰疹病毒的藥物，主要是能夠抑制皰疹病毒的複製和擴增，所以對單純皰疹、帶狀皰疹等病毒性的疾病是有確切效果的。但是扁平疣不是皰疹病毒引起，而是人乳頭瘤病毒引起的，這兩個病毒有很大的差異。
扁平疣是由人乳頭瘤病毒也叫HPV病毒感染所引起的一種常見的病毒性皮膚病，主要表現是在皮膚上面，特別是臉部、手背部出現質地較硬的扁平丘疹，可以因為搔抓而自身接種傳播。治療扁平疣可以採取物理治療，比如激光、冷凍將其去除，也可以使用一些抗病毒的藥物，比如干擾素凝膠、氟尿嘧啶軟膏等，這些都是有效的。