扁平疣並不是阿昔洛韋軟膏的適應證，阿昔洛韋軟膏不能夠用於治療扁平疣，所以更談不到有沒有什麼副作用。扁平疣是人乳頭瘤病毒HPV感染了局部的表皮，引起的皮膚的增生。阿昔洛韋軟膏雖然裡面的成分阿昔洛韋是抗病毒的成分的藥物，但是阿昔洛韋針對的病毒不是人乳頭瘤病毒，而是皰疹病毒。所以在臨床上阿昔洛韋軟膏主要是治療皰疹病毒引起的皮膚感染，比如水痘-帶狀皰疹或者單純皰疹。