激光治療扁平疣的後遺症有局部容易出現紅腫。護理不當，局部容易出現感染，可能會留下疤痕。如果切面過淺，還存在復發的可能。激光治療扁平疣後，短時間內傷口避免接觸水分，以免接觸水分導致傷口部位出現感染的情況發生。如果術後局部出現感染的症狀，需要及時進行局部的清創處理，配合口服抗感染類的藥物進行預防性抗感染治療。