鼓膜穿孔有可能會自愈，一般來說外傷性鼓膜穿孔通常在1-3個月內能夠自愈，一般95%以上有自愈傾向，所以對於外傷性鼓膜穿孔，一般以先觀察治療為主。
另外，鼓膜穿孔主要是避免耳道進水，避免感染，一旦感染就很容易導致穿孔的不能癒合，就可能需要通過手術來進行進一步的治療。對於感染導致的穿孔，比如中耳炎，特別是慢性中耳炎引起的穿孔，這種穿孔很難自愈。如果是急性單次發作的中耳炎引起的鼓膜穿孔，有自愈的可能性。如果是慢性的中耳炎反覆發炎、化膿引起的穿孔，這種自愈可能性就會很小，通常需要通過手術進行病灶的清除，加上鼓膜的修補治療。