扁桃體發炎的原因很多，包括感染因素、免疫因素、鄰近器官的急性炎症等，細菌和病毒積存於扁桃體腺窩內引起疾病。扁桃體炎還可以繼發於某些急性傳染病，比如猩紅熱、麻疹、流感等。
基本因素有感染因素，急性扁桃體炎主要致病菌為乙型溶血性鏈球菌，常見的其他細菌有肺炎鏈球菌、葡萄球菌，病毒感染有腺病毒、流感病毒等，感染以後都可以引起急性扁桃體炎，細菌和病毒混合感染比較多見。免疫因素，當全身或者局部免疫力低下時也可以使得病原菌大量繁殖，引起此病。鄰近器官的急性炎症，如急性咽炎、鼻炎，都可以經過蔓延而引起扁桃體發炎。