有些寶寶在注射流腦疫苗後，會在注射部位出現一些短暫的炎症反應(例如出現短暫的紅腫熱痛等，如果是輕微的紅腫疼痛，不用特殊處理，一旦情況較嚴重，可用熱毛巾來熱敷一下)，還可能出現其他不適(如輕微瘙癢，硬結等)。在接種流腦疫苗後，會有1%到4%的人會出現發熱，這種發熱體溫一般是在三十八攝氏度以下。需要注意的是接種疫苗後，一定不要使用抗生素，因為會使疫苗效果消失。