病毒性腦炎是由於感染了病毒，這些病毒專門侵犯腦的神經細胞，引起腦神經細胞的水腫、炎症性的改變，嚴重的會引起腦細胞的壞死，出現一系列症狀。剛開始可能會頭疼、頭暈、發燒、噁心、嘔吐，或者出現精神情緒的萎靡不振、嗜睡、昏睡，甚至昏迷，也可以出現精神情緒的改變。患者變得淡漠、反應遲鈍，會出現異常的行為。
此外也可以出現神經系統局灶性的體徵，比如偏癱、偏身感覺障礙、偏盲或者語言功能的障礙。還有可能會出現精神情緒的不好，類似於精神分裂症的幻覺、妄想。有些人還會有癲癇發作的情況，做腰穿的時候發現有腦脊液的蛋白升高，各種抗體的滴定度增高。做CT、核磁共振可以發現腦細胞瀰漫性水腫，做腦電圖可以發現腦電圖有異常的癲癇波形或者是異常的慢波等等。