腔隙性腦梗死的病人可以應用阿司匹林、氯吡格雷抗血小板聚集治療。應用瑞舒伐他汀或阿託伐他汀穩定粥樣斑塊治療。應用銀杏葉片、丹參滴丸、腦心通膠囊、消栓膠囊等中成藥物改善腦血管循環治療。合併有高血壓、高血脂、高血糖和高尿酸血癥的病人，還需要應用藥物將上述指標控制在正常範圍內，也有利於腔隙性腦梗死的治療。在腔隙性腦梗死急性期，則可以靜點丹紅注射液、舒血寧注射液等中成藥改善循環治療，靜點肌氨肽苷、胞二磷膽鹼等營養神經治療。