治療肺栓塞的藥物分幾類：第一類就是抗凝藥物，抗凝治療貫穿肺栓塞治療的全程，是肺栓塞治療的基礎。臨床常用的抗凝藥物包括雙香豆素類，華法林，低分子肝素，利伐沙班等，抗凝治療可以使血栓減少或自溶，從而減輕肺動脈高壓的症狀。第二類就是溶栓藥物。可以行周圍靜脈溶栓，或者是導管接觸溶栓，使血栓減少或消失，常用的溶栓藥物有尿激酶，rt-PA。溶栓藥最大的風險是導致出血，臨床上常監測纖維蛋白原定量來進行判斷。