治療細菌性痢疾首先要進食易消化、易吸收的食物，禁食生冷、油膩、刺激性食物，如果症狀較輕、可以不給予抗生素，如果病情嚴重，應該應用抗生素。在臨床上首選的抗生素是喹諾酮類藥物、比如說左氧氟沙星，也可以選用頭孢類藥物、比如說頭孢曲松等，同時可給予黃連素保留灌腸。如果患者伴隨水及電解質流失，可給予ORS口服補液。