黴菌性食管炎是由於白色念珠菌感染所導致，通常是由於人體的免疫力低下，常見於艾滋病、腫瘤晚期，以及長期用抗生素的糖尿病患者。另外長期服用激素或免疫抑制劑的患者，均可能會合並黴菌性食管炎。如果存在免疫相關疾病，出現胸骨後的痛痛或進食梗阻感，均應考慮有黴菌性食管炎的情況出現。

對於黴菌性食管炎，內鏡下可以明確診斷，一旦明確診斷，不僅需要積極治療原發病，並使用增強免疫力的藥物，還應加用制黴菌素，以及抑酸藥物，如蘭索拉唑、雷貝拉唑、奧美拉唑、泮托拉唑等PPI製劑。患者還可以加用胃黏膜保護劑，如硫糖鋁凝膠、鋁碳酸鎂等，或加用胃動力藥，如嗎丁啉、莫沙必利、依託比利等，以促進胃蠕動，也有助於黴菌性食管炎的修復。