胃鏡可以區分部分食管炎和食管癌，部分食管炎或食管癌，需要藉助於病理組織檢查才能確診，例如食管潰瘍，便需要藉助病理組織檢查，甚至可能要反覆做病理組織檢查。同時要結合患者的症狀，例如近期是否有消瘦、貧血、納差、乏力等，以及藉助於CT檢查等綜合因素檢查後，才能得到最後的確診。對於胃鏡難以區分食管炎和食管癌，還可以藉助其他手段，如胃部超聲等，協助鑑別究竟是食管炎，還是食管癌。

對於食管炎患者，應積極尋找導致食管出現炎症改變的原因，如果是反流因素所導致，建議採用PPI的治療方法，而如果是由於不當的生活方式，或存在機械性損傷等，便可以用黏膜修復的藥物，來幫助達到緩解。如果是食道癌，能夠手術，便建議儘早手術。因此對於胃鏡下的特殊病變，應通過綜合考慮，並結合患者情況後，再給予不同的治療方案。