真菌性食管炎即黴菌性食管炎，通常情況是人體免疫力低下的一種表現，常見於艾滋病患者及腫瘤晚期的患者，此外長期應用抗生素亦可導致。對於黴菌性食管炎的治療，目前為使用抗真菌的藥物，同時要加黏膜保護劑，如硫糖鋁凝膠、鋁碳酸鎂等，還要加入一些抑酸藥物，如蘭索拉唑、雷貝拉唑、奧美拉唑、泮托拉唑、艾普拉唑等，可修復食道黏膜。

出現真菌性食管炎應積極給予營養支持治療，提高患者的免疫力和抵抗力，同時加強營養，可對疾病的恢復有幫助。亦可用一些增強免疫力的藥物，如胸腺五肽等，對於提高免疫力，較有幫助。同時應積極治療原發性疾病，如艾滋病，應進行系統的治療，對於腫瘤晚期的患者，應給予支持營養治療。對於抗生素導致的黴菌性食管炎，能夠停用抗生素時，就應及早停用抗生素，對於疾病的恢復較有幫助。