食管炎患者主要服用質子泵抑制劑，如奧美拉唑、艾司奧美拉唑、泮托拉唑、雷貝拉唑、蘭索拉唑，還有目前更新的鉀泵抑酸藥，即沃克，以上均可以用來治療食道炎，也是主要的抑酸劑。還可以輔助用促動力藥物，包括莫沙必利、伊託必利、馬來酸曲美布汀、黏膜修復劑、黏膜保護劑或稱為制酸劑，包括鋁碳酸鎂、鋁鎂加混懸液、複方鋁酸鉍等藥物的規範治療。

若為輕度食道炎，國際上的療程為6-8周，國內大概為4-6周，若為中度和中度以上的反流食道炎，療程需要6-8周，好得比較快且不易復發。但是生活中也需要注意調整，原因在於此疾病屬於神經肌肉疾病，若不注意容易復發。食道炎分為反流性食道炎、黴菌性食道炎、食入較燙的食物或化學物質的損傷導致的食道炎，治療的方式大同小異，但是否容易復發取決於誘因。