患黴菌性食道炎後大部分患者會痊癒，但是導致黴菌食道炎的原因要進一步追蹤，比如患有艾滋病、長期服用抗生素，出現免疫低下導致黴菌性食管炎，所以對於黴菌食管炎病因追溯比較重要。如果患艾滋病常伴有黴菌性食管炎，甚至出現黴菌性腸炎，還有帶狀皰疹病毒感染等肌膚性感染疾病，對病因的治療比較重要。

對於黴菌性食道炎，除增強免疫力的治療方式，還可以服用抑制黴菌生長的藥物，比如目前常用的大蒜素軟膠囊。黴菌性食道炎常是患者免疫力低下的表現，提高免疫力可以達到痊癒，所以不用過於緊張，在醫生指導下治療，絕大多數預後較好。針對黴菌性食道炎病因的治療至關重要，可以避免產生黴菌性食道炎。