食管炎治療主要是充分抑酸治療，代表藥物是質子泵抑制劑和胃腸道動力藥，包括嗎丁啉、莫沙必利等，防止胃內容物反流。還有胃黏膜保護藥，主要是鋁碳酸鎂或鋁鎂加類藥物。

綜合治療後病人一般症狀都能控制，反流性食管炎易反覆發病，基礎治療主要是飲食。飲食注意不要吃辛辣刺激性食物，不要暴飲暴食，飯後不要立即平臥，食管症狀反覆發作時可按需用藥。