對於急性的咽炎和扁桃體炎，以抗生素治療為主，需要醫生根據症狀、咽喉部紅腫程度以及扁桃體發炎的程度，選擇口服或者靜脈輸液的方式進行治療。對於明顯發燒的患者，可以加用退燒藥、物理降溫，以及在輸液時加用糖皮質激素。並且建議患者，每天使用漱口液漱口3-4次，進行局部的消毒、殺菌。另外，也可以使用中成藥，進行中西藥聯合治療，比如藍芩口服液、蒲地藍消炎口服液，對於急性咽喉炎也有明顯的治療作用。

對於慢性咽喉炎和扁桃體炎的治療，一般不使用抗生素進行治療，大部分以中成藥為主，包括百蕊片、甘桔冰梅片，或者六神丸等。另外，還可以進行霧化吸入治療。