兒童扁桃體切除手術可能伴隨部分併發症，如術後創面的出血、疼痛或創面感染導致的發熱。但任何一種併發症都在醫學可控的範圍內，均有合適的方法與手段予以解決。若患兒的扁桃體符合扁桃體手術切除的指徵，如扁桃體過於肥大導致吞嚥障礙、呼吸障礙或反覆炎症，導致患兒免疫力無法正常建立，則有必要進行切除。一旦出現上述症狀，建議及時就診。