黴菌性食管炎在胃鏡下表現為食道白色偽膜覆蓋，實際不太容易發生。黴菌性食管炎最多見於抵抗力極低病人，如糖尿病、腫瘤、放療病人和用免疫抑制劑者。再有一些人是口腔黴菌吞嚥下去所引起。黴菌性食管炎最多見的黴菌感染是白色念珠菌，所以希望用制黴菌素經常漱口。如果真正是免疫力低引起來的黴菌性食管炎，要用到抗真菌藥物，比方氟康唑、伏立康唑、制黴菌素等。