扁桃體摘除的最佳時間並不固定，需考慮手術適應症以及手術禁忌症。扁桃體是人類的免疫器官，對兒童尤為重要，故4歲以下的小兒進行扁桃體摘除手術需慎重。進行手術之前需考慮手術適應症和禁忌症，適應症包括扁桃體炎反覆發作、存在扁桃體周圍膿腫。如果扁桃體炎發作較為頻繁，1年超過3次以上，尤其連續幾年出現此種情況，可考慮進行扁桃體摘除手術。此外，若扁桃體出現腫瘤，也可考慮切除扁桃體，而其禁忌症如下：

1、存在急性炎症時不建議進行手術，通常在炎症控制2-3周後考慮手術；

2、病人出現凝血機制障礙，或存在再障等血液系統疾病時也不建議手術；

3、女性月經期前後不建議手術，因術後、術中出血較多；

4、免疫功能低下，酌情考慮、慎重手術；

5、存在較為嚴重的基礎疾病，如血糖較高且控制不理想，或血壓控制不理想，或存在腎病、腎炎、風溼性心臟病，需慎重考慮是否進行手術。

如果進行扁桃體摘除手術，若明確手術適應症、禁忌症，無需規定時間，春夏秋冬均可進行，但如果處於較大傳染病流行期間，除非存在特殊情況，不然應儘量避免進行該手術。