扁桃體結石不會癌變，主要通過清熱解毒、抗病毒、手術等治療方式達到根治。扁桃體結石是扁桃體局部長時間發生炎性病變，導致局部上皮角化形成沙粒樣改變，類似結石。扁桃體結石治療早期可以口服中醫藥治療，比如清熱解毒的藥物，如銀花、連翹、板藍根、大青葉等，也可以口服抗病毒製劑治療。

扁桃體結石嚴重者可以進行手術治療，可以進行局部微創手術、激光或者其它治療。扁桃體結石一般出現局部咽喉疼痛時，儘早要去相關醫院比如耳鼻喉科進行局部檢查。如果確診是結石，可以進行早期治療，不會對人體出現大危害，也不會發生癌變。