大多數情況下清洗扁桃體隱窩不會痛，扁桃體隱窩灌洗往往用於慢性扁桃體炎隱窩型，在急性扁桃體炎時即使有分泌物，一般也不會採用灌洗方法，因為急性炎症黏膜充血、腫脹，病人對疼痛比較敏感，所以不會做灌洗，除非局部隱窩很多分泌物堵塞，可以採取灌洗的方法。

慢性扁桃體炎隱窩型，尤其扁桃體隱窩又大又深，表面有分泌物還會咳出來或者拿鉗子撥出之後，深部的東西出不來，就會用鈍形針頭，順著隱窩口拿生理鹽水或者加用慶大黴素做灌洗，用鈍形針頭在隱窩口沖洗不會引起疼痛。對於很敏感的病人，比如咽反射敏感的病人，也可以局部噴利多卡因表面麻醉劑，病人基本上沒有感覺，不會疼痛。