慢性扁桃體炎很難自愈。慢性扁桃體炎是因為急性扁桃體炎反覆發作而形成，一旦形成，扁桃體本身就會成為病灶，許多細菌和炎症物質會長期潛伏在扁桃體結構之中。一旦免疫系統功能下降，比如熬夜、勞累、工作壓力增大、進食辛辣刺激食物或是感冒受涼，扁桃體結構中潛伏的細菌和外來病原微生物大量繁殖，釋放較多毒性物質，從而引起身體一系列不適症狀，比如咽痛、咽乾、發熱、畏寒、乏力。嚴重時毒性物質損傷心臟、腎臟和關節，可導致心肌炎、腎炎、關節炎。

另外，平時需要注意保養，避免誘發因素，比如少食辛辣刺激食物；避免過度熬夜、勞累；加強鍛鍊、增強體質，以減少慢性扁桃體炎急性發作頻率。平時要注意三餐後刷牙、漱口，保持口腔清潔也能有效減少慢性扁桃體炎急性發作。慢性扁桃體炎頻繁急性發作或導致心肌炎、腎炎、關節炎，需通過手術切除已經形成病灶的扁桃體。