在治療黴菌性食道炎之前，首先要了解產生黴菌性食道炎的原因，針對病因才能進行相應的治療。其病因主要包括長期大劑量的使用廣譜的抗菌藥。另外，長期應用大量的腎上腺皮質激素和長期大劑量的放射線的照射，以及大劑量的使用免疫抑制劑。在營養不良、老年體弱，一些消耗性疾病、手術等，導致機體免疫低力低下時，可以產生白細胞吞食及殺菌功能的降低，均可以產生黴菌性食道炎。

黴菌性食道炎要進行防治相結合，首先應預防醫源性因素所致的感染，嚴格掌握抗生素及激素使用的適應症。治療的方法主要為中藥和西藥兩類，中藥包括錫類散、雲南白藥、大蒜素等。西藥包括制黴菌素，酮康唑、氟康唑、伊曲康唑等抗菌治療，均有療效。