病毒性食管炎根據感染病毒不同，治療時間和使用藥物不同，具體如下：

1、單純皰疹病毒性食管炎和水痘皰疹病毒性食管炎建議使用阿昔洛韋，靜滴或口服，配合抑酸、促進胃動力藥物，防止胃酸反流，損傷食管黏膜，療程7天左右；

2、鉅細胞病毒性食管炎一般是由於免疫力低下感染所致，採用抗病毒治療，建議使用更昔洛韋2周左右。