肥胖症是萬病之源，它可導致代謝綜合徵、糖代謝異常、脂代謝異常，比如糖尿病和高脂血症，還可以導致阻塞性睡眠呼吸暫停低通氣綜合徵，也就是平常說的打呼嚕。

肥胖還可以導致非酒精性脂肪性肝炎，這是目前非常嚴重的一種疾病，可導致肝硬化，甚至誘發肝癌。肥胖還可導致男性性功能障礙，女性患多囊卵巢綜合徵，誘發膽囊結石、膽囊息肉。對於重度肥胖患者，還會面臨腰椎問題。