肥胖症微創手術禁忌症同普通外科或胃腸外科手術禁忌一樣，如嚴重的心腦血管疾病，急性感染，精神性問題等。大多數患者適宜接受減重代謝手術，術前需經過嚴格評估，繼發內環境紊亂、嚴重高血壓、血糖異常、嚴重睡眠呼吸暫停是手術的相對禁忌，通過調控血壓、血糖相對穩定後再手術；繼發嚴重睡眠呼吸暫停，術前接觸呼吸機治療，糾正身體低氧和二氧化碳瀦留狀態。