竇性心律不齊的治療需要針對病因學治療，另外，可以使用抗心律失常藥物。對於竇性心律不齊，抗心律失常藥物可以選擇ⅠB類藥物普羅帕酮，可以選用III類藥物胺碘酮。但總體上來說，III類藥物胺碘酮的效果優於ⅠB類藥物普羅帕酮，用胺碘酮可以有效的提高患者的治癒率，改善患者的病情，減少他們的痛苦，也可以較低不良反應發生的概率，可以考慮在臨床中推廣應用。

竇性心律不齊在病理狀態下具有發病急的特點，危害大，表現為心慌、心悸、暈厥等症狀。竇性心律不齊還有可能會出現繼發性心肌缺血，甚至心肌梗死，造成不良預後的發生。竇性心律不齊患者的心肌耗氧量增加，造成心室的充盈下降，最終導致心臟衰竭功能減退等情況的發生。