竇性心律不齊，一般情況下，並沒有明顯危害。竇性心律不齊常發生於生理性狀態下，所以一般的處理是改善生活方式，避免勞累、熬夜等情況，而對於病理情況下的竇性心律不齊，常發生於器質性心臟病基礎之上。竇性心律不齊可能會加重心臟負擔，但以治療原發病為主。

對於病理性的竇性心律不齊，在治療原發病基礎上，可以使用β受體阻滯劑，如酒石酸美託洛爾片、富馬酸比索洛爾片等對症處理，也可使用中成藥物，如穩心顆粒、參松養心膠囊等。可以給予營養心肌的相關藥物應用，如鹽酸曲美他嗪片、輔酶Q10膠囊等。