強直性脊柱炎會反覆發作，如果膝關節、其它大關節或者腰部疼痛比較重，骶髂關節磁共振檢查顯示水腫面積較大，需要積極治療。如果踝關節、膝關節腫痛嚴重，查血沉比較高，關節腔內可以注射激素或者口服強的松等藥物控制炎症，配合使用免疫抑制劑，如柳氮磺吡啶、甲氨蝶呤等藥物進行治療。

如果脊柱炎症較嚴重，最好選用生物製劑，研究表明生物製劑和非甾體抗炎藥對基礎炎症有作用，免疫抑制劑對中軸關節作用不大，選用生物製劑較好。