強直性脊柱炎不一定為HLA-B27陽性，HLA-B27陽性也不一定為強直性脊柱炎，但大部分強直性脊柱炎患者HLA-B27陽性，而HLA-B27陰性也不能除外強直性脊柱炎。

臨床發現強直性脊柱炎具有家族聚集性，即父親或家裡其他人患有強直性脊柱炎，孩子也易患該病，如果患者為HLA-B27陽性，家族聚集性則更強。目前認為HLA-B27跟強直性脊柱炎呈強相關，但並不是HLA-B27陽性患者就一定會患強直性脊柱炎。部分HLA-B27陰性患者也會患強直性脊椎炎。而HLA-B27陽性患者中，部分為環境或感染等各種因素刺激後患病，也有部分患者雖然B27陽性，但並沒有患強性脊柱炎。

HLA-B27為強直性脊柱炎診斷其中指標之一，還需通過症狀，如下腰痛、附著點炎、足跟痛及其它關節炎等共同診斷。同時也需結合影像學診斷檢查判斷，如骶髂關節CT、骶髂關節核磁等。因此該病需通過多方面共同診斷，而不能只依靠HLA-B27判斷。