兒童強直性脊柱炎發生在16歲以下，以脊柱關節病變為主，外周關節也可以發生，又稱為幼年強直性脊柱炎。兒童的強直性脊柱炎的表現、侵犯部位以及疼痛性質跟成人有相同也有不同的地方。兒童強直性脊柱炎的疼痛部位大部分以外周關節起病多見，可以佔到60%-70%，而成人以外周關節起病只佔30%-40%。

成人強直性脊柱炎以下背部疼痛為主，而兒童以膝關節腫疼為主，為對稱或者是單膝關節的腫脹，有時呈遊走性。兒童強直性脊柱炎在發病的過程中可以發生外周關節的病變，而成人強直性脊柱炎發病過程中很少侵犯外周關節，大部分以中軸關節為主。兒童強直性脊柱炎眼部病變的發生率也少於成人。遺傳方面HLA-B27在成人和兒童強直性脊柱炎患者中的陽性率相似。