先天性椎管內脂肪瘤不一定會有殘疾。先天性椎管內脂肪瘤通常指椎管內從小存在脂肪瘤，此時常伴隨其他的情況，比如脊柱裂、脊髓栓系等，此時若病人無相應症狀，僅需觀察。

若存在相應症狀，比如出現走路障礙、大小便功能障礙等，應考慮此類症狀為何種原因導致，比如脊髓栓系、脊柱裂、脊髓或馬尾膨出。根據相應具體原因，再進行處理，通常需要手術治療。對此類病因進行處理後，症狀通常將逐漸改善，但並非所有手術均一定殘留殘疾的表現，部分手術效果較好則不會殘留殘疾，所以應需根據病人具體情況具體分析。