囊腫和脂肪瘤的來源不同，具有本質區別，且性質亦有所區別，囊腫為囊性腫瘤，脂肪瘤是實性腫瘤，具體如下：

1、囊腫：作為體表腫物，常見為皮脂腺囊腫，俗稱粉瘤。一般是由於毛囊下的皮脂腺分泌受阻，瘀滯在毛囊下方，形成的瀦留性囊腫，囊腫內部實際是沒有長期分泌出濃縮、凝固的皮脂腺，為良性腫瘤。在部分因素刺激下，如壓迫、感染、摩擦、細菌入侵等情況，可導致局部的感染；

2、脂肪瘤：主要是來自於皮下的實性腫瘤，一般是脂肪組織的瘤樣增生，包膜比較完整。脂肪瘤基本上是良性，患者一般沒有症狀，少部分患者會有疼痛表現，通常不會發生感染。若脂肪瘤位置較深，一般為肌間脂肪瘤或深部脂肪瘤，具有一定的惡變風險，所以對於有肌間脂肪瘤的患者，需要做手術切除，防止惡變的發生。