脂肪瘤手術時間與脂肪瘤具體部位，以及生物學特性有較大關係，腹部或肢體脂肪瘤手術較易進行，甚至較大脂肪瘤手術時間大多不會超過半小時。手術前應進行超聲等影像學檢查，可判斷大多數脂肪瘤性質。

後背等皮膚較厚、肌肉較發達部位脂肪瘤稱為纖維脂肪瘤，彈力纖維瘤易使脂肪組織與肌肉組織形成交叉、粘連，手術相對困難。尤其肩胛處脂肪瘤常可鑽到肩胛骨下，與周圍肌肉組織交織導致較難完整切除，手術時間可明顯延長，疼痛感也會加重。